Pode ter impacto sim, não são todas as funções do WD que tem suporte a compilação em java. Você pode ver esse detalhe no help do windev, no cabeçalho das paginas do help existem alguns indicadores de plataforma para a função.
Outro detalhe é que não são todos os componentes de interface grafica que estão disponÃveis.
Outro detalhe importante é trabalhar com o conceito de configurations do windev, você pode deixar seu projeto como ele está hoje, com uma configuration pra Windows, e então adicionar uma configuration para Java, assim você pode compilar o mesmo projeto para as duas plataformas. Nesse caso você pode selecionar os elementos existentes no projeto para cada configuration. Por exemplo, se você tem uma tela no projeto, que utiliza algum componente de UI que não é compativel com java, você deixa essa tela marcada apenas na configuration windows, e para a configuration java cria uma tela especifica com os componentes que podem ser utilizados. Então, nos menus do sistema para fazer o acesso as telas você pode usar a função inJavaMode() colocando um IF pra abrir uma tela ou outra por ex.
Você pode consultar o Help do windev para maiores detalhes, procura por Java e dentro dessa seção do Help verifique a parte de Limitations