1) Remove from Project = Tira do projeto mas nao apaga do HD
2) Delete from Disk = ja diz tudo, apaga mesmo
3) Em "tools" vá em "Clear from project directory" = isso arquiva relatorios, windows, botoes, etc que nao tem ligação com seu projeto atual e cria um arquivo ZIP na pasta backup de seu projeto.
Estas opções devem ser realizadas com as windows fechadas, pois senão nao terao efeito.